So wie Paulis Reputation wuchsen auch die Geschichten über ihn. Allein seine Anwesenheit schien zu genügen, um die Funktion eines Gerätes auf völlig unerklärliche Weise zu beeinträchtigen. Als Beispiel sei ein Bericht aus Princeton genannt. Während der Anwesenheit Paulis brach im Zyklotron der Universität ein Feuer aus und zerstörte es vollständig. Bis heute weiß niemand, wie das Feuer entstanden ist. Dieses mysteriöse Zusammentreffen wurde bald als »Pauli-Effekt« bezeichnet.
Der Experimentalphysiker Occhialini, der wusste, dass Pauli für jeden Spaß zu haben ist, wollte ihm mit einem sorgfältig inszenierten »Pauli-Effekt« eine Freude bereiten, als Pauli sein Labor in Brüssel besuchte. Eine im Labor befindliche Hängelampe wurde so mit der Eingangstüre verbunden, dass sie in dem Moment mit Getöse herabstürzen musste, in dem Pauli das Labor betrat. Diese Einrichtung bestand die Generalprobe vor Paulis Eintritt perfekt, nur versagte sie gänzlich, als Pauli wirklich durch die Türe eintrat.